ChIP 培训

第 3 部分：数据分析

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欢迎参加我们的染色质免疫沉淀 (ChIP) 系列培训课程。我们将首先为您介绍 ChIP 基础知识和基本方案，接着会讲解实验优化、疑难解答和更高级的技术。

在第 3 部分的 ChIP 系列培训课程中，我们将为您介绍 3 种常用的 ChIP 数据分析方法并重点讲解 ChIP-seq 法，涵盖从质量检查到热图绘制的所有方面。我们还会讲述如何利用在线工具解释 ChIP-seq 数据。

第 3 部分 概述

3.1 数据分析：qPCR、ChIP-on-chip 及 ChIP-seq
3.2 ChIP-seq：质量检查
3.3 ChIP-seq：定位
3.4 ChIP-seq：峰值调用
3.5 ChIP-seq：基因组浏览器
3.6 ChIP-seq：基序
3.7 ChIP-seq：基因本体
3.8 ChIP-seq：热图

3.1 数据分析：qPCR、ChIP-on-chip 及 ChIP-seq

下拉的 DNA 片段完成免疫沉淀和纯化后，可以采用几种不同的方法进行分析，包括 qPCR、ChIP-on-chip 及 ChIP-seq。以下视频介绍了这些方法，并且给出了几个具体的 ChIP-seq 数据案例。

3.2 ChIP-seq：质量检查

ChIP-seq 是最常用的全基因组分析方法，该方法具有更好的碱基对分辨率，并且不存在上述视频中讨论的 ChIP-on-chip 所存在的局限性。虽然 ChIP-seq 数据分析会很复杂，但它仍然是实验中最重要的部分。稳健的数据分析是获得准确、可靠结果的关键。在线工具组合为生物信息学专家和实验室生物学家提供了分析数据的机会。在本章及下面的章节中，我们将带您了解 ChIP-seq 数据分析的所有重要步骤 —— 从质量检查到热图绘制。

您可以使用 FastQC 软件（点击此处免费下载），快速轻松地对您的测序读段进行质量检查（QC）。您只需要这一软件和您的测序数据的 .fastq 文件即可完成 QC 工作。以下视频将带您了解 FastQC 软件的分步 QC 流程。

3.3 ChIP-seq：定位

在此我们将向您展示如何使用 Galaxy 内的 Bowtie read aligner（一种用于测序分析的开源平台）将您的测序读段定位到参考基因组。您可以点击此处安装 Galaxy 软件，并观看下列视频，了解如何使用这款软件定位测序读段。

3.4 ChIP-seq：峰值调用

可采用前面部分所述的 Galaxy 软件执行峰值调用。这次我们将使用 Galaxy 内的 MACS 峰值调用功能生成几种文件类型，您可以使用这些文件类型进行进一步的数据分析，包括在基因组浏览器上可视化数据。以下视频介绍了如何在您定位的测序读段上执行峰值调用。

3.5 ChIP-seq：基因组浏览器

您可以使用您在第 3.4 部分使用 MACS 生成的 .wig 文件，在基因组浏览器上可视化您的 ChIP 峰值。以下视频介绍了如何使用UCSC 基因组浏览器可视化您的 ChIP 峰值。

3.6 ChIP-seq：基序

序列基序是在整个基因组中发现的 DNA 短序列，通常在基因表达的调控方面发挥一定的作用。例如，一些基序与某些转录因子的结合有关。您可以使用一款名为MEME-CHIP的程序，了解您的 ChIP 峰值是否与任何序列基序一致。观看下面的视频，了解如何进行操作。

3.7 ChIP-seq：基因本体论

如果您已经开展了 ChIP 实验，您可能想了解您的 ChIP 峰值与哪些基因相关。为此，您需要进行基因本体论（GO）术语分析，从而帮助您了解目的蛋白的生物学功能。以下视频展示了如何使用免费在线工具 GREAT 进行 GO 术语分析。

3.8 ChIP-seq：热图

热图是一种常见的 ChIP 数据可视化方法，用于分析目的蛋白的结合模式。以下视频介绍了如何使用名为 seqMINER 的程序来生成峰值密度热图。

点击此处免费下载 seqMINER。

小结

现在您应该已经清楚地了解了如何分析您的 ChIP-seq 数据。您已经做好了充分准备，有能力：

• 使用 FastQC 对您的测序读段进行质量检查
• 进行定位和峰值调用
• 在基因组浏览器上可视化您的数据
• 生成序列基序和 GO 术语
• 生成热图，可视化数据中的结合模式

在第 4 部分，我们将向您介绍如何优化您的 ChIP 方案，并与您分享一些疑难解答提示。

现在开始学习第 4 部分吧！